حذف نوکلئوتید

اول

۲

تکرار نوکلئوتید

اول

۷

مقایسه توالی نوکلئوتیدی ژنوتیپ­ها و شاهد با این نرم افزار انواع دیگری از موتاسیون­های نوکلئوتیدی را در قطعه تکثیری پرایمر CBL4-1 نشان داده که در جدول ۳- ۲۸ ارائه گردیده است. نتایج این جدول نشان می­دهد که مجموع بازهای متعلق به این قطعه تکثیری در همه ژنوتیپ­ها ۳۳۰۸۷ باز بوده است که ۱۲۲۹ نوکلئوتید از آن در معرض تغییرات موتاسیونی قرار گرفته­اند. این تعداد موتاسیون در ۱۷۳ موقعیت مکانی از این قطعه ژنی رخ داده و ۱۹۳ موتاسیون از نوع هموزیگوس و در منطقه کد کننده ژن بوده ­اند.
جدول ۳- ۲۸ تعداد و انواع موتاسیون­های نوکلئوتیدی در قطعه تکثیری پرایمر CBL4-1

تعداد بازهای موتانت

تعداد مکان­های ژنی
حامل موتاسیون

تعداد موتاسیون هموزیگوس
در منطقه کد کننده ژن

تعداد کل بازهای تجزیه
شده در ۹۶ ژنوتیپ

۱۲۲۹ باز

۱۷۳ مکان

۱۹۳ موتانت

۳۳۰۸۷ باز

۳-۱۰-۱-۲ نقشه هضم آنزیمی قطعه تکثیری پرایمر CBL4-1
نقشه هضم آنزیمی سه کانتیگ از قطعه تکثیری پرایمر CBL4-1در شکل­های ۳- ۳۰ الی ۳- ۳۲ نشان داده شده است.
کانتیگ اول:

شکل ۳- ۳۰ نقشه هضم آنزیمی قطعه تکثیری پرایمر CBL4-1 در کانتیگ اول
به کمک نرم افزار CodonCode Aligner در کانتیگ اول از قطعه تکثیری پرایمر CBL4-1 با توجه به توالی نوکلئوتیدی آن، یک محل برش برای هر یک از آنزیم­ های SacI (در محل نوکلئوتید شماره ۳۱۰) و BamHI (در محل نوکلئوتید شماره ۳۸۷) یافت شده است. پس از بررسی موتاسیون­هایی که توسط این نرم افزار در قطعه مربوط شناسائی گردید، مشخص شد که ۹ ژنوتیپ در محل برش آنزیم BamHI یعنی نوکلئوتید شماره ۳۸۷ دچار موتاسیون هموزیگوت شده ­اند. مطابق نتایج این آنالیز که در جدول ۳- ۲۹ ارائه گردیده است در دو ژنوتیپ باز گوآنین به سیتوزین تبدیل شده، در دو ژنوتیپ باز گوآنین به آدنین تغییر یافته و در پنج ژنوتیپ دیگر باز گوآنین با تیمین جابجا شده است.

جدول ۳- ۲۹ مشخصات موتاسیون­های نوکلئوتیدی در محل هضم آنزیم­ های برشی در قطعه تکثیری پرایمر CBL4-1 در کانتیگ اول

نام آنزیم

نوع موتاسیون

تعداد ژنوتیپ­های حامل این موتاسیون

محل برش آنزیمی
(شماره باز)

توضیح وضعیت موتاسیون